Древнегреческое название моря — Понт Аксинский (греч. Πόντος Ἄξενος, «Негостеприимное море»). В «Географии» Страбона (7.3.6) предполагается, что такое название море получило из-за трудностей с навигацией, а также диких враждебных племён, населявших его берега. Однако скорее всего греки восприняли местное скифское название моря, представлявшее рефлекс др.иран. *axšaina- «тёмно-синий», «тёмный», соотносящееся с его нынешним названием, и переосмыслили его по созвучию с греческим словом «негостеприимный». Позднее, после удачного освоения берегов греческими колонистами, море стало называться Понтом Эвксинским (греч. Πόντος Εὔξενος, «Гостеприимное море»). Впрочем, у Страбона (1.2.10) есть упоминания о том, что в античности Чёрное море называли и просто «морем» (pontos).

В Древней Руси X—XVI веках в летописях встречалось название «Русское море», в некоторых источниках море носит название «Скифского».

:

Современное название «Чёрное море» нашло своё соответствующее отображение в большинстве языков: греч. Μαύρη θάλασσα, болг. Черно море, груз. შავი ზღვა, рум. Marea Neagră, англ. Black Sea, тур. Karadeniz, укр. Чорне море, абх. Амшын Еиқәа и др. Самые ранние источники, упоминающие это название, относятся к XIII веку, однако есть определённые признаки того, что оно использовалось и ранее. Существует целый ряд гипотез относительно причин возникновения такого названия:
Турки и другие завоеватели, пытавшиеся покорить население побережья моря, встречали яростный отпор со стороны адыгов (черкесов), абхазов и других племён, за что и прозвали море Караденгиз — Чёрным, негостеприимным[3].
Другой причиной, по мнению ряда исследователей, может быть тот факт, что во время штормов вода в море сильно темнеет. Впрочем, штормы в Чёрном море не слишком часты, а темнеет вода во время бурь во всех морях земли.
Ещё одна гипотеза происхождения названия основывается на том, что металлические предметы (например, якоря), опущенные в воду моря глубже 150 м на длительное время, покрывались налётом чёрного цвета благодаря действию сероводорода.
Другая гипотеза связана с принятым в ряде азиатских стран «цветовым» обозначением сторон света, где «чёрный» обозначал север, соответственно Чёрное море — северное море.
Одной из наиболее распространенных гипотез является предположение о том, что название связано с воспоминаниями о прорыве Босфора 7500-5000 лет назад, следствием чего стало катастрофическое повышение уровня моря почти на 100 метров, что в свою очередь привело к затоплению обширной шельфовой зоны и образованию Азовского моря.

Существует турецкая легенда, согласно которой в водах Чёрного моря покоится богатырский меч, который был брошен туда по просьбе умиравшего волшебника Али. Из-за этого море волнуется, пытаясь выплеснуть из своих пучин смертоносное оружие, и окрашивается в чёрный цвет.